中医药理论体系是中国古代医家直接在临床治疗实践中建立起来的，无论是对疾病的认识还是相应诊疗方法的建立，始终没有离开人体这一主体对象。在人体生理认识上，虽然也有一定的解剖，但对解剖结果的认识时所持的基本理论则是古人在长期的天文与物候观测的基础上总结出来的阴阳五行理论和气化论，并通过这种理论框架在人体各个组成部分与天地万物之间建立其了广泛的联系。在临床的疾病治疗上，古代的中医家也始终没有脱离病人，而是根据自己掌握的理论和经验针对病患者对其进行个体化的治疗。这些古代医家往往根据他们那个时代对自然事物认识的方法和理论提出对人体疾病系统的诊疗认识，在医疗实践中不断地总结，进而建立起规法后世的理论经典，通过这些医经把那些基本的医疗认识传给后人。后世的医家在临床实践中则需要深入学习医经、领悟医经的要旨，然后在临床实践中进一步验证和思考，不断地提高自己的心理存在层次和医疗水平，并对原有的医疗知识进行进一步的丰富与完善。

古代中医家的主要研究工作就是研读经典和进行临床实践，其临床疗效的提高也不是象西医那样依赖掌握更多的有关人体的知识和其他自然科学的知识，而是依靠中医家自己对医经领悟的深度与自己丰富的临床经验。丰富的临床经验能够促进医家对医经的奥旨领悟得更深，同时加深对医经的领悟又不断地增强临床疗效，二者处在一种良性的互动之中。

那种建立在西医思维方式、研究方法和理论体系上的现代中医科研就是用西医学和现代自然科学对中医药理论进行研究，它只是把中医作为外在于自己理论形态的研究对象，采用完全不同于中医自身研究的思维方式、研究方法以及理论框架，得出的研究结果也不属于中医理论自身的范畴，它只是在研究中医理论的过程中，力求把中医理论解构后纳入自身的逻辑框架之中。因此，对中医进行的科学研究完全属于西医或者现代自然科学研究领域，它是西医或者现代自然科学认知活动的一部分，也是为西医或者现代自然科学的发展服务的，而与中医自身无关。它不能对现代的中医临床提供有任何指导意义的研究成果；非但如此，它还导致了中医队伍的严重西化和中医理论的异化，为中医的发展带来了几近消亡的后果。

中医科研目前有两个主要内容，一个是阐释中医的“科学性内涵”，就是利用西医理论和研究方法去证明中医药理论所谓的“正确性”，进而阐释其所谓的“科学性”；一个是按照西医标准去改造中医，就是根据西医的理论特征和诊疗特征去改造中医，使其逐渐与西医趋同。这两项中医科研内容获得了医政管理部门的大力支持，不断地在深化对中医队伍和中医理论的异化。

首先，中医理论的科学性阐释工作基本上是在实验室里进行的，那就是用西医的研究方法和理论去解释中医理论。这种对应的解释工作除了得到的是对中医理论牵强附会的西医理论解释以及少许关于西医理论和西药的新发现之外，对中医的临床诊疗没有任何的指导意义，而且在这种阐释性的研究之中，中医队伍的中医理论思维逐渐趋向淡化，临床实践缺失，既而导致中医主体队伍的西化与整体疗效水平的下降。

事实上中医理论与西医理论之间没有任何可以互释的通约性，这是由中医和西医各自所使用的思维方式、研究方法和基本理论框架决定的。

中医理论的基本框架就是阴阳五行理论，阴阳五行理论是古人在长期的天文和物候观测总结出来的自然万物与天地之间的相互关系，它体现了天人合一和天人感应的自然整体主义思想，在这种思想主导下，用阴阳五行理论来解释人体和病因病机，必然在人体及其各个部分与天地万物之间建立起广泛的联系，因此中医理论中所描述的人体中的气血、经络与脏腑是与天地万物有着广泛联系的存在。现代的西医理论则是以物理、化学和生物学的研究成果为基础的，它必然具有机械的原子主义特征。这种建立在自然科学理论基础上的西医学在实验室里利用各种设备和仪器不仅割断了人体与天地万物之间的广泛联系，也割断了人体内部各个部分之间的有机联系，对人体各个部分不断深入的解构导致西医理论认识的器官、组织、基因以及分子等只是一些孤立存在的抽象个体。因此，中医理论与西医理论根本就没有互释的实体基础，这种建立在实体互异基础上的阐释只是牵强附会的简单对应，让人们从这种简单对应的西医理论去去理解中医无异于缘木求鱼、雾里看花。

在中医理论上如此，在中药理论研究上也是如此。现在中医学界比较一致性的意见就是阐释中药的“药效物质基础”，然而中医用药用的是药材的原生整体，这个原生整体就是该味中药的本然实体，那种建立在还原论思维基础上的解析中药整体的某个部分并不是中药的本然实体，它只是用物理化学手段构造出来的新的抽象实体而已。最典型的例子就是青蒿与青蒿素，青蒿素是从青蒿中采用现代的化学手段解析出来的化学物质，但是青蒿素不是青蒿，它也解释不了青蒿。青蒿是以原生的自然整体形态呈现的，它自身的本然实体就是这种原生的自然形态，而不是从中构造出来的具有结晶形态的青蒿素。青蒿是作为整体在中医的医疗实践中被认识和使用的，而青蒿素则是通过现代的化学手段构造出来并被西药药理所认识和描述，在西医理论指导下运用于临床。青蒿素就是西医药理论在中医药理论中所看到的自己的原子主义面相，它已经属于真正的化学药品，而不是中药。因此，这种探寻所谓的中药的“药效物质基础”也无非是对中药的异化，它让人们看到的不是中药的“物质基础”，而是西医通过解构中药而构造出来的抽象实体。

中医理论与西医理论本是从不同的角度、使用不同的研究方法和基本理论框架进行认识人体而形成的两种并存的医学理论，为何要以西医理论作为认知人体的唯一标准？这种无明的研究本身还是站在西医还原论的角度对中医理论的间接否定。另外，这种附会解释的西医理论在临床实践中几乎没有任何意义。中医治疗疾病运用中医理论来对病人进行诊断与辨证治疗，整个思维过程是在阴阳五行理论所界定的中医理论框架中进行的，那些解释中医理论的西医理论并不能有机地纳入中医理论这种自足的理论框架体系之中。所以，这样的研究理论就好似附着在中医理论上的一种恶性膨胀的肿瘤，不断地腐蚀着中医理论的肌体，让中医理论思维趋向混乱。

中医科学性的阐释不仅异化了中医理论，而且也西化了中医家队伍，导致中医家队伍整体疗效水平的下降。

那些培养出来的长年呆在实验室里一味地做实验、写论文的研究生和教授们，由于很少或从来没有进行临床实践，并不能很好地从中医理论自身去领悟中医理论，带着被训练出来的西医理论及其思维方式，在临床上对那些复杂的疾病往往束手无策，这就是他们学非所用的可悲结局。他们真正的价值就是继续呆在各大中医院校里，占据国家发展中医的大量资源，继续做着那些寻求中医理论“科学性内涵”的毫无意义的研究，继续培养那些象他们一样在临床上一无用处的中医人才。

其次，中医理论的标准化和客观化研究也是不顾中医家诊疗个性化特征和中医家在治疗过程所具有的个体化治疗特征，根据西医理论抽象化的知识特征来强行改造中医理论。这与其说是在发展中医，不与说是在为发展经济的中药西制而服务的。这样的标准化和客观化理论在临床上几乎没有任何指导意义，并且会导致中医理论的教条化和僵化，为废医存药打下了基础。

古代医家在临床上对疾病进行治疗，往往是根据自己掌握的中医理论和治疗经验进行的，每一个医家都有属于自己的个性化诊疗特征；而且在为病人治疗时，根据病人的不同的症象提出个体化的诊疗方案。中医不可能像西医那样对每位医师的诊疗加以普遍规定的标准化和客观化。那么，中医学界和相关医政管理部门为何还要大力提倡这种不顾中医理论自身文化特征的西医式的标准化与客观化？

西医理论的标准化意识是重要的影响因素，而中药西制的需要却是最主要的原因。中国为了与日本、韩国等国家争夺国际医药市场，进而发展本国的医药经济，大力鼓励中成药工业化，并把中药西制作为发展中医中药的主要路径。中药西制，除了工艺和质量标准要象西药那样制定外，其药效学研究和临床验证完全按照西药的研究途径来进行，那么要想按照西药那样来对中药进行临床验证，就必须对中医四诊和辨证论治进行标准化和客观化改造，便于临床对相关指标进行量化评价。

然而，这样靠中药西制路线指导下制成的中成药在临床上治疗疾病又能发挥多大疗效？实践证明，它远没有传统的中药汤剂来的有效。首先，它的中药成份是固定不变的，这不符合中医临床辨证论治的特点。尤其是那些非处方药，患者买回后在没有中医家指导下任意服用，不同的病情不同的体质，仍然服用一成不变的中成药。这种丢掉辨证的西医式治疗后患无穷，比如日本发生的小柴胡汤事件、比利时发生的减肥丸肾毒性事件等等都是中药西制西用的恶果。其次，由于采用现代的一些工艺制法，如醇提、长时间的煎煮，都会导致部分成分丢失，进而大大地降低了原方的疗效。

由于中成药服用方便，可以直接在临床中使用，并可作为商品销售，因此中药工业形成了国家医药经济中的重要组成部分。政府为了发展中药工业经济，必然会大力支持这种违反中医理论规律的中药西制研究路线。但是，这种中药西制的研究路线不仅浪费了大量中药资源，导致中药疗效下降和用药紧张，而且也强化了废医存药的异化中医的路径。