不可否认，现代中医的诊疗已经是在西医诊断平台上的中医治疗，两医联手为解释病情、避免误诊、防止延误治疗都有积极意义，但这些并不能使中医现代化，也不能替代中医去辨证施治，在西医理论指导下的中药及中成药施治不仅疗效难遂人愿，而且徒生毒副作用。“关木通事件”“小柴胡事件”之祸都是在医不在药，用西医方法去研究中医现阶段还未见到与中医理论无缝焊接，还仅停留在解释补充上。用尿17羟类固醇降低去解释肾阳虚的现代机理，而不能去指导用药，用药依然选用温补肾阳之品，用什么药、多少量这与17羟类固醇高低没有关系；一个中风病人头颅CT示脑出血，这个现代检查并不能像指导西医去去除血肿那样指示中医开方药，虽然活血化瘀药能帮助血肿吸收，但没有脑出血均处以活血方之理，仍然要辨清证候对证治疗。

  有人把分子生物学看成中医现代化的法宝，认为“现代医学的基因调控与中医学阴阳平衡所阐释的生命规律不谋而合，两种截然不同的医学体系对疾病本质的认同反映出两个学科思维方法上的趋近特征，显示出研究思路方法上的相互渗透的可能性，从而为中医理论现代化研究提供了契合点”，还有人认为复杂性科学、系统论的论述与中医理论十分相近，以此来研究中医就能使中医现代化，岂不知这些理论对中医的研究是“喻”，而不能“替”；只能“饰”，而不能“改”；只能说明中医的理论有科学性，“英雄所见略同”，而不能以基因调控去替代阴阳学说，系统论永远是系统论，不会成为中医的理论之一，只能认为中医的整体观符合系统论的精神，是科学的，而不能认为中医就是系统论，系统论就是中医。