自从鸦片战争以来，清政府抵御西方资本主义发达国家的肆意侵略就不断失败，并签订了系列丧权辱国的不平等条约。面对科学技术释放出的强大破坏力量，中国人在近代随着清政府的日益衰弱而逐渐失去了文化自信，并普遍地笃信科学主义。笃信科学主义的近代知识分子视固有的文化为落后与愚昧的代表，极力否定和排斥中医，比如孙中山、梁启超、胡适等都以中医不是科学而拒绝接受中医治疗。中医学界的主流人士则开始全面学习和接受西医知识，并企图利用西医阐释中医理论的科学性，并按照西医的理论标准进行改造，最终实现中医科学化。科学技术对自然的强大破坏力量阻碍了广大中医人对西医认识生命和防治疾病的局限性进行反思，他们走向集体无意识的西化，希望以此来推动中医的发展和提高临床疗效。共和国成立后，由西医掌控的医政管理部门在余云岫等废医派提出的废医措施推动下接受中医科学化，并将中医科学化作为中医发展的指导思想。共和国成立初期实行公有制，国家在全国各地新建了各级中医院，大量的理论技术水平较高的民间中医被聘入院里行医。改革开放后，中医院被推入医疗市场与西医展开竞争。为了能像西医院那样获利，各级中医院逐渐购入了西医诊疗仪器设备，并聘入大量西医医务工作人员，这样西医诊疗手段首先就在中医行业普遍地开始混用。

中西医结合不仅影响了中医行业，对西医行业同样有所改变。1985年7月1日开始实施的《药品管理法》对中西药各自不同的属性特征没有进行区分，按照西药的管理办法去约束中药，要求中药新药的研发路径按照西药的研发路径进行。根据中药新药的注册管理办法，中药新药在上市必须要做三期临床试验。由于中成药在此前都是可以直接上市销售的，三期临床试验的方案就只能按照西药临床试验的方案去编制。中药新药按照西药开发路径进行研制直接导致中药新药成为了类西药，使得新研制的中成药能够象西药那样按照西医理论进行辨病施治。类西药的中成药为西医师们在临床上应用提供了理论依据，即他们可以按照临床试验的结果将中成药整体视为类化合物去治疗相应的疾病。由于国家医政管理部门鼓励中西医结合，西医师们在临床上就可以不受限制，将中成药当着类西药不经辨证论治就直接使用。西医行业自此也开始使用中医的治疗手段，中西医结合最终导致两个本质不同的医疗行业开始相互使用对方的诊疗手段。

从近百年中医发展史来看，中西医结合给中医带来了异化性的衰败。西医作为强势医学，掌控着医疗行业的医政管理权和话语权，而中医作为弱势医学，在与西医结合的过程中必然处于被动的从属地位，接受西医的阐释和改造。每种医疗手段都是在其理论指导下按照其相应的思维去应用的，由于中医在临床上应用西医的诊疗手段，就必须接受西医的理论思维，继而失去中医主体意识，成为游离在中医之外的西医。除了在临床上采用西医诊疗手段之外，西化的中医家即使采用方药治病，也是按照西医的辨病施治来进行的。由于未经辨证，有药无方，导致疗效大打折扣或者基本无效，甚至出现类西药的不良反应。中医西化导致疗效水平降低或者消失，甚至引起不良反应，那些西医按照辨病施治的方式去开中成药也是这样。中成药的应用就像单味药一样，需要辨证使用，见是证才能用是方药。西医师的中医理论思维缺失，对患者不进行辨证，只是根据中成药三期临床试验的结果，无视患者的体质差异，所以就像那些西化的中医家用中药治病一样，不仅缺乏疗效或者无效，还会引起不良反应。西医师违背中医理论应用中成药治病产生的不良反应，最终都被转移到中药之上，让人们误以为中药治病有较强的毒副作用，进而对其产生恐惧和抗拒意识。

中西医结合不仅导致中医在临床上应用中药的思维意识西化，也会使得西医按照西医的思维意识去应用中成药。不管是哪种情况，都会引起疗效的降低或者丧失，还会引起不良反应，损害患者的健康。由此可见，中西医结合不仅给中医发展带来严重的危害，还会降低中医的性价比，给患者的经济和健康带来双重损失。