馆藏中最为珍贵的是一部被称为“本草巨著,博物大典”的1593年金陵版 《本草纲目》。它是最早刻本,目前国内仅有3部完本,它是中外一切《本草纲目》的祖本,《本草纲目》的刊印和流传都是从这个版本始源的。
东晋葛洪撰著《肘后备急方》,著述了中风、昏厥、心腹痛、胸闷、寒热、咳嗽等诸急症的抢救、治疗方法,被称为是我国古代第一部临床急救手册。在古籍《肘后备急方》的多个版本中记者都发现了中国中医科学院研究员屠呦呦的书袋签名卡,为汲取古代有关抗疟实践经验,屠呦呦研究员先后多次查阅了数版《肘后备急方》,从该书记载“青蒿一握,以水二升渍,绞取汁,尽服之”得到启发,成功从青蒿中提取出高效的抗疟新药“青蒿素”。
近年来,国家投入资金支持全国中医药行业开展馆藏条件建设和修复能力的提升,按照“修旧如旧、最小干预”的原则,修复了一大批珍贵古籍。
随着技术的发展,中国中医科学院中医药信息研究所完成了750册珍贵破损中医古籍的修复、500种珍贵古籍的数字化扫描,共建共享数字化平台,让中医古籍焕发新活力。